In der folgenden Übersicht werden die medizinisch relevanten Bakterien und ihre taxonomische Zuordnung dargestellt:

Bakterien mit dünner Zellwand (meist gramnegativ)
  • Spirochaetales - Spirochäten
    • Spirochaetaceae
      • Borrelia
      • Treponema
    • Leptospiraceae
      • Leptospira
  • Andere spiralige Bakterien
    • Aquaspirillum
    • Bdellovibrio
    • Campylobacter
    • Spirillium
  • Aerobe Stäbchen und Kokken
    • Pseudomonadaceae
      • Pseudomonas
      • Xanthomonas
    • Legionellaceae
      • Legionella
    • Neisseriaceae
      • Acinetobacter
      • Branhanella
      • Kingella
      • Moraxella
      • Neisseria
    • N.N.
      • Bordetella
    • N.N.
      • Brucella
    • N.N.
      • Flavobacterium
    • N.N.
      • Francisella
  • Fakultativ anaerobe Stäbchen
    • Enterobakterien (Enterobacteriaceae)
      • Citrobacter
      • Edwardsiella
      • Enterobacter
      • Erwinia
      • Escherichia
      • Hafnia
      • Klebsiella
      • Morganella
      • Proteus
      • Providencia
      • Salmonella
      • Serratia
      • Shigella
      • Yersinia
    • Vibrionaceae
      • Aeromonas
      • Photobacterium
      • Plesiomonas
      • Vibrio
    • Pasteurellaceae
      • Actinobacillus
      • Haemophilus
      • Pasteurella
    • N.N.
      • Calymmatobacterium
    • N.N.
      • Cardiobacterium
    • N.N.
      • Chromobacterium
    • N.N.
      • Eikenella
    • N.N.
      • Gardnerella
    • N.N.
      • Streptobacillus
    • N.N.
      • Zymomonas
  • Anaerobe Stäbchen
    • Bacteroidaceae
      • Bacteroides
      • Fusobacterium
      • Leptotrichia
  • Anaerobe Kokken
    • Veillonellaceae
      • Veillonella
    • Peptococcaceae
      • Peptococcus
      • Peptostreptococcus
  • Ricketsiales
    • Ricketsiaceae
      • Coxiella
      • Ricketsia
      • Rochalimeae
    • Bartonellaceae
      • Bartonella
  • Chlamydiales
    • Chlamydiaceae
      • Chlamydia
Bakterien mit Kapsel (meist grampositiv)
  • Aerobe und fakultativ anaerobe Kokken
    • "Staphylococcaceae"
      • Staphylococcus
      • Gemella
      • Macrococcus
    • Streptococcaceae
      • Streptococcus
      • Lactococcus
    • "Enterococcaceae"
      • Enterococcus
  • Endosporenbildende Stäbchen und Kokken
    • Bacillaceae
      • Bacillus
      • Chlostridium
  • Aerobe Stäbchenbakterien
    • Milchsäurebakterien - Lactocacillaceae
      • Lactobacillus
    • N.N.
      • Listeria
    • N.N.
      • Erysipelothrix
  • Unregelmäßig geformte Stäbchen
      • Corynobacterium
      • Eubacterium
      • Propionibacterium
  • Bakterien mit Neigung zu Verzweigungen bzw. Fadenbildung (Actinomycetales)
    • Actinomycetaceae
      • Actinomyces
      • Arachnia
      • Bacterionema
      • Bifidobacterium
    • Micrococcaceae
      • Micrococcus
      • Kocuria
      • Nesterenkonia
      • Arthrobacter
      • Rothia
    • Dermatophilaceae
      • Dermatophilus
      • Kytococcus
    • Mycobacteriaceae
      • Mycobacterium
    • Nocardiaceae
      • Nocardia
      • Pseudonocardia
    • Streptomycetaceae
      • Streptomyces
Bakterien ohne feste Zellwand
  • Mycoplasmatales
    • Mycoplasmataceae
      • Mycoplasma
      • Ureaplasma
    • Acholeplasmataceae
      • Acholeplasma
Beispiele: Spore, Virus, Rickettsien, Borrelien, Antibakterielle Socken, Kahmhaut, Portal Lebewesen