Man muss die Infektion abgrenzen gegen eine bloße Kolonisation durch Bakterien und bestimmte Pilze, die auf Haut und Schleimhäuten leben, ohne einzudringen. Bei geschädigter Haut oder Schleimhaut oder bei Immunschwäche können auch diese Keime eine Infektion verursachen (endogene Infektion), bleiben dabei aber trotzdem relativ harmlos.

Menschen benötigen Mikroorganismen zum Abbau der Nahrung im Darm, so wie manche von diesen andererseits den Menschen brauchen, um sich zu ernähren und sich zu vermehren. Außerdem hält diese Kolonisationsflora durch Besetzung der Haut und der Schleimhäute gefährlichere Keime fern. In den meisten Fällen bleibt diese Symbiose im Gleichgewicht, was dem menschlichen Organismus nicht schadet. Es gibt aber auch Keime, die aus diesem Gleichgewicht ausbrechen und dem Menschen schaden, ja sein Leben bedrohen.